《超凡蜘蛛侠》故事的背景是，一个叫做“尼古拉斯·弗莱彻”的富翁在一次冒险活动中意外坠落于美国人之手，而他的尸体中所含有的“伊森诺”的秘密则成为了一个非常重要的事情。一开始，在一个冷僻的小镇中，一个叫做彼得·帕克（安德鲁·加菲尔德 Andrew Garfield 饰）的年轻男人，正在跟一个女孩子（艾玛·斯通 Emma Stone 饰）恋爱。然而，当她因为一场意外而离开后，他便开始独自面对这个世界。一个偶然让他明白：自己是蜘蛛侠（瑞斯·伊凡斯 Tobey Maguire 饰）的儿子。于是他决定找到他的父亲，找到了一个叫做“尼古拉斯·弗莱彻”的富翁。在了解了父亲的秘密后，他开始尝试自己的超能力。但是，在接下来的旅途中，他也遇到了许多挑战和挫折。他面对着许多邪恶的人物，而且最终他发现自己并不是唯一拥有超能力的人，而是他的弟子们。最终，他们都被叫做“尼古拉斯·弗莱彻之子”，他们将一同组成一个叫做“新蜘蛛侠”的队伍。在和一些英雄的友谊里，他得以更好地体会到父母的爱，成为了一名真正的超级英雄。最终，彼得·帕克发现了他父亲的一些秘密，也了解到了他的真实身份。在冒险过程中，他也收获了一个亲密的女朋友和一些忠诚的兄弟们。